Los motores impulsados ​​por hidrógeno son en realidad bastante similares a los motores de gasolina, pero existen algunas diferencias importantes a considerar…

Ambos utilizan un diseño de cuatro tiempos para admisión, compresión, ignición y escape, y ambos producen el mismo tipo de sonido, pero…
La principal diferencia es qué tipo de gases de escape emiten.  En lugar de gases NOx tóxicos, los motores de hidrógeno producen agua como el principal producto de su ciclo de combustión. Debido al calor y al aceite de la lubricación, todavía hay algunas emisiones nocivas de NOx, pero no tanto como produce un motor de gas normal.
Debido a que el hidrógeno es diferente del gas, los tipos de relaciones aire-combustible, relaciones de compresión, tiempo y energías de ignición que puede ejecutar son muy diferentes de lo que normalmente se ve. Por ejemplo, puede utilizar una relación aire-combustible muy pobre como de 180: 1, y una relación de compresión mucho más alta, ya que el hidrógeno tiene un índice de octano más alto.   ¿Por qué el motor rotativo es perfecto para el combustible de hidrógeno?  
El rotativo Wankel tiene muchos inconvenientes como motor de gasolina, pero se convierten en beneficios cuando se cambia al combustible de hidrógeno, como lo hizo Mazda con un RX-8 de producción limitada.
El motor rotativo Wankel es el sueño de un ingeniero. Más pequeño, más liviano y más simple que cualquier motor de pistón, el diseño de triángulo giratorio puede aumentar la potencia de un paquete pequeño con un mínimo de piezas móviles.
Pero hay grandes inconvenientes. Un motor Wankel no quema combustible de forma tan limpia o eficiente como un motor de pistón. Esto conduce a emisiones sucias, un problema que se agrava por la forma en que el motor quema su aceite lubricante. Los desafíos técnicos del motor rotativo finalmente llevaron a todos los fabricantes de automóviles importantes, excepto a Mazda, a abandonar el diseño. 
Esto es lo interesante: la mayoría de los inconvenientes de Wankel se disminuyen con un simple cambio. Todo lo que tienes que hacer es cambiar los combustibles, de gasolina a hidrógeno ya que de esta manera bajan considerablemente las emisiones tóxicas de NOx. El tema es que no desaparecen totalmente como sí ocurre en las fuel cells que también utilizan H2 para en este caso producir electricidad. 
Resulta que el diseño de este motor es ideal para quemar hidrógeno. Mazda incluso construyó y vendió un vehículo que aprovechó esto, un RX-8 de doble combustible que podría cambiar la marcha de la gasolina al hidrógeno y viceversa. (Se vendió solo brevemente, y solo en Japón).

Mazda RX-8 alimentado por Hidrógeno